Der Bundesanzeiger-Verlag verschickt auch an gemeinnützige Vereine Gebührenbescheide. Zwar besteht für Vereine keine Meldepflicht zum Transparenzregister, weil sich die dort anzugebenden Informationen bereits aus der Eintragung im Vereinsregister ergeben. Die Gebühr wird aber nicht für die Eintragung erhoben, sondern für die Führung des Transparenzregisters. Insofern müssen die Vereine eine Jahresgebühr von € 2,50 rückwirkend ab dem Jahr 2017 zahlen.